Instytucje, które włączyły się w organizację Nocy Muzeów muszą stosować prewspółczynnik do odliczania VAT. W efekcie poziom odliczanego podatku zmniejsza się o kilkadziesiąt procent.  Udział w wydarzeniu skutkuje zatem dla tych instytucji negatywnymi skutkami finansowymi. Z interpelacją w tej sprawie zwrócił się do Ministerstwa Finansów poseł Paweł Arndt, pytając jednocześnie czy istnieje możliwość zniesienia obowiązku takiego rozliczenia w działalności nie nastawionej na zysk lub promującej działalność kulturalną (muzeum). Według informacji z Ministerstwa Finansów jeżeli nie można przyporządkować wszystkich wydatków związanych z Nocą Muzeów do czynności opodatkowanych VAT w ramach działalności gospodarczej, to muzeum powinno stosować prewspółczynnik.

Temat przybliża Monka Pogroszewska w najnowszej Rzeczpospolitej.